冷冻干燥机使用前，先将准备干燥的物品置于低温冰箱或液氮中，使物品完全冰冻结实，方可进行冷冻干燥。主机的右侧板上设有真空泵的电源插座，将真空泵的电源线连接好。检查真空泵，确认已加注真空泵油，不可无油运转。油面不得低于油镜中线。 通常情况下，为了提高超低温真空冷冻干燥机的质量稳定性，生产工厂会结合用户要求与相关标准和气候等因素把超低温真空冷冻干燥机进行标准化。
与已经从蒸发器出来被冷却到压力的冷空气进行热交换，使压缩空气的温度进一步降低。之后压缩空气进入蒸发器，与制冷剂进行热交换，当流体经过过滤器中具有一定精度的滤芯后，其杂质被阻挡，而清洁的流物通过滤芯流过滤器滤芯能够使受到污染的介质被净化，主机与真空泵之间由真空管连接，连接处采用卡箍。卡箍内含一只密封橡胶圈，连接前可在橡胶圈上涂抹适量真空脂，再用卡箍卡紧。
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